EPIDEMIOLOGIE GENOMIQUE DU SARS-CoV-2 AU BENIN CHEZ LES PATIENTS HOSPITALISES DANS LES CTE

Abstract

INTRODUCTION : Ces trois dernières années ont été particulièrement éprouvantes pour le système sanitaire mondial qui a eu à faire face à l’une des pandémies les plus meurtrières de son histoire : la COVID-19. De nombreuses mesures de riposte ont été mises en place par l’OMS en coordination avec les acteurs sanitaires de chaque pays pour endiguer l’évolution de la pandémie. Parmi elles, la surveillance génomique occupait une place importante compte tenu de son apport dans la détection de nouveaux variants, leur gravité, transmissibilité et échappement immunitaire. Mais elle requérait des coûts financiers colossaux, ce qui réduisait sa réalisation dans la plupart des pays. De plus, la mise en relation des données génomiques avec celles des patients s’avérait nécessaire, mais ne se faisait que très rarement. Cette étude a été initiée pour étudier l’épidémiologie génomique du SARS-CoV-2 au Bénin afin de se faire une idée précise sur les variants ayant circulé dans le pays. MÉTHODES D’ÉTUDES : Il s’agit d’une étude transversale, descriptive et analytique qui s’est déroulée au ministère de la santé avec le concours des données provenant des laboratoires COVID et centres de traitement des épidémies, sur une période de trois (03) mois. Nous avons obtenu 117 résultats de séquençage génomique que nous avons mis en relation avec les informations socio-démographiques, cliniques et paracliniques liées aux patients atteints. Les données ont été recueillies avec le logiciel EXCEL 2013. Elles ont été traitées et analysées à l’aide des logiciels EXCEL 2013 et SPSS 25. RÉSULTATS : Onze (11) variants ont circulé au Bénin : Alpha, Beta, Eta, Delta, B.1.1.318, B.1.619, B.1.620, R.1, C.36.3, AV.1 et AZ.2. Les variants prédominants étaient : Eta, B.1.1.318 et Alpha. La présence au Bénin de ces variants, notamment Eta et B.1.1.318 d’origine nigériane ainsi que Alpha d’origine anglaise s’explique en partie par nos rapports de voisinage avec le géant Nigéria. Le sexe masculin prédominait à 65,8%, l’âge moyen de 46,90 ± 14,82 ans. Le Littoral, l’Atlantique et l’Ouémé étaient les départements les mieux représentés. Les fonctionnaires étaient majoritaires à 73%. Les comorbidités (HTA, diabète, insuffisance rénale chronique, etc.) étaient présentes chez 21% de la population. Les cas modérés étaient de 36,80%, les cas graves de 35% avec une prédominance du stade 2 (14,5% de la série). L’étude analytique montrait une association significative entre l’anémie et les variants prédominants (p=0,033). L’association hydroxychloroquine azithromycine avait été utilisée chez 62,4% de cas, la durée moyenne d’hospitalisation de 9,63 ± 3,59 jours et le taux de décès de 16,2%. Les sujets ayant les comorbidités étaient plus touchés par le variant Eta qui néanmoins n’a pas montré une gravité clinique et une létalité plus importante que les autres variants prédominants : B.1.1.318 et Alpha. Parmi les variants très peu représentés, Delta et R.1 étaient ceux qui avaient montré une grande sévérité. CONCLUSION : Au Bénin, la surveillance génomique a permis de détecter onze variants du SARS-CoV-2 ayant circulé pendant la pandémie de COVID-19. Les plus prédominants étaient Eta, B.1.1.318, Alpha et Delta provenant pour la plupart du Nigéria voisin. Il urge d’investir davantage dans la génomique afin d’exploiter ses atouts notamment pour la gestion d’autres épidémies virales existantes et la prévention d’autres qui surviendraient.